但离婚协议书写明房子归男方，该如何处理？

首先，应依据离婚协议办理房产更名。其次，《物权法》规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭需依法登记，未经登记不发生效力。您的情况，离婚协议已写明房子归男方，但房产证上仍有女方名字，需携带离婚证、离婚协议、房产证等材料向不动产登记中心提出过户申请，依法审查确认符合后，即可核准将房产过户至男方名下，并发给新房产权属证。若不处理，依据《物权法》，房产作为不动产，权利归属以房产证登记为准，未办理更名过户手续，则女方仍为房屋共有人，可能影响男方后续处置房产，存在法律风险。
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常见的处理方式为携带相关材料申请房产过户。法律依据为《物权法》《婚姻法》。处理方式有协商过户和诉讼过户两种，优先协商，协商不成再通过诉讼要求房产更名过户至男方名下，若女方不配合，则可通过向法院提起诉讼，请求确认房产归属并要求过户，胜诉后可凭生效判决申请强制执行，完成房产更名手续。
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不同情况下的处理方式：1.如已办理离婚登记，且离婚协议写明房产归男方，但房产证未更名：携带离婚证、离婚协议、房产证，向不动产登记中心提出过户申请，审查确认符合登记条件后，核发新房产权属证，完成房产更名至男方。2.如女方不配合过户：先与女方沟通协商，协商不一致时，向房产所在地法院提起诉讼，依据《婚姻法》相关条款，请求确认房产归属并要求协助办理过户，胜诉后凭生效判决申请强制执行，完成房产过户手续。